Zum ersten Mal wird der Talname Sellrain („Selrain“) urkundlich 1271 genannt. Die am frühesten nachweisbare Dauersiedlung war das 1153/54 erwähnte Haggen im Obertal (Gemeinde St. Sigmund), welches unter den Besitzungen des Welfenklosters Ottobeuren aufscheint. Als weitere Siedlungskerne folgten dann im Jahr 1254 Marendebach und Durregg, die sich in den Gemeinden Gries und Sellrain befinden.

Die bevorzugten landwirtschaftlichen Betriebe des Hoch- und Spätmittelalters waren im Sellraintal die von den beiden Klöstern Frauenchiemsee und Wilten sowie vom Tiroler Landesfürsten Meinhard II. gegründeten Schwaigen („swaiga“ = Viehherde oder Viehhof), die als Vorläufer der heutigen Bergbauernhöfe auf Viehhaltung und Milchwirtschaft ausgerichtet waren, was anhand ihrer jährlichen Abgabeleistung von durchschnittlich 300 Stück Käse abgelesen werden kann.

Schon in vorgeschichtlicher Zeit wurden die Jöcher des Sellraintales als Übergänge genutzt. Während der älteren Mittelsteinzeit durchstreiften Jäger das hintere Fotschertal und erreichten dort vor fast 10.000 Jahren den eisfreien Riegelschrofen (= “Ullafelsen”), worauf die archäologischen Funde (Feuerstein-Abschläge) und mehrere mit der 14C-Methode datierte Feuerstellen hinweisen. Gerade dieser lawinen-, muren und steinschlaggeschützte Felsriegel (1.869 m) diente den umherziehenden Jägern als „Basislager“.